Κατά τη διάρκεια της ειδικής παιδαγωγικής αξιολόγησης, ο ειδικός θεραπευτής είναι σε θέση να εξετάσει το μαθησιακό αλλά και το γνωστικό επίπεδο του παιδιού ανάλογα με την ηλικία του και την τάξη την οποία παρακολουθεί.
Επιμέρους τομείς του γνωστικού επιπέδου οι οποίοι εξετάζονται είναι ο χωροχρονικός προσανατολισμός, η σωματογνωσία, η γνώση βασικών εννοιών και η ικανότητα συγκέντρωσης.
Όσον αφορά στο μαθησιακό επίπεδο του παιδιού εξετάζεται η αναγνωστική ικανότητα, η παραγωγή γραπτού λόγου, η θεματική και καταληκτική ορθογραφία, το εύρος και η χρήση λεξιλογίου, η δημιουργία αυθόρμητου γραπτού λόγου αλλά και η κατανόηση και επεξεργασία κειμένων. Επιπλεόν, εξετάζονται και οι λογικομαθηματικές δεξιότητες του παιδιού.
Τέλος, είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι το παιδί αξιολογείται και σε επιμέρους αντιληπτικές ικανότητες, όπως ταυτίσεις, ομαδοποιήσεις, κατηγοριοποιήσεις, ακολουθίες, συγκρίσεις αλλά και στη συνδυαστική και αφαιρετική του σκέψη καθώς και στη γενίκευση αυτής.
Ο ειδικός θεραπευτής, χρησιμοποιώντας ειδικά αξιολογητικά εργαλεία (οπως το Αθηνά Τεστ, το ΦΩΤΑΔΥΣ και το υλικό διάγνωσης του ΚΨΜ) σε συνδυασμό με ειδικές τεχνικές παρατήρησης, εξετάζει ακόμα τις δυνατότητες αυτοματοποιήσης, προσοχής, παρατηρητικότητας αλλά και την οπτική και ακουστική διάκριση και μνήμη.
Έτσι, λοιπόν, ο ειδικός παιδαγωγός μπορεί να διαγνώσει την ύπαρξη μαθησιακών δυσκολιών ή μαθησιακών κενών αλλά και να αντιληφθεί αν οι μαθησιακές δυσκολίες που παρουσιάζει το παιδί είναι ειδικές ή γενικευμένες και αν προκαλούνται από νευρολογικά ή ψυχοσυναισθηματικά αίτια. Μέσα στις μαθησιακές δυσκολίες συμπεριλαμβάνονται η δυσλεξία, η δυσορθογραφία, η δυσγραφία, η δυσαριθμησία, η ΔΕΠ-Υ (Διαταραχή Ελλειματικής Προσοχής-Υπερκινητικότητα), η δυσπραξία αλλά και η νοητική στέρηση, τα αναπτυξιακά σύνδρομα και οι μαθησιακές δυσκολίες οφειλόμενες σε ψυχολογικά ή συμπεριφορικά προβλήματα.